L'Égypte ancienne était divisée en une quarantaine de territoires chacun vénérant plus particulièrement une divinité, qui figurait sur les monuments sous l'aspect d'un animal, d'une plante ou d'un objet. Peu à peu, certains de ces cultes locaux prirent une plus grande importance: ceux d'Horus et d'Osiris ou encore d'Hathor, elle fut représentée à l'époque prédynastique comme une vache à tête humaine et, sous l'Ancien Empire, devint la «vache du ciel», douce protectrice du pharaon.
La théologie de Memphis décrit la création du monde et fait de l'unité de l'Égypte un processus participant à l'ordre éternel du cosmos. C'est le dieu Ptah qui crée toute chose à partir d'idées qu'il recèle en son cœur et formule en sa langue. Il en est de même des dieux qui, se manifestant d'abord sous la forme de concepts émanant de l'esprit de Ptah, sont matérialisés par des objets de l'Univers, la pierre, le métal et le bois, également engendrés par Ptah.

La théologie de Memphis emprunte aussi à l'Ancien Empire des mythes concernant les dieux Horus et Seth, qui se disputent l'hégémonie sur l'Égypte; intervenant comme médiateur, un autre dieu, Geh, commence par partager le pays entre les deux, puis, se ravisant, le donne tout entier à Horus. Elle identifie le pharaon Ménès à Horus et établit un parallèle entre Ptah et Geb, qui, dans un autre contexte mythologique, est l'esprit suprême de la Terre, la divinité de la Terre, principe masculin pour les Égyptiens, alors que le Ciel leur apparaît sous les traits de la déesse Nout. Dès la fin de la IIe dynastie, il existe une vingtaine de dieux qui sont représentés sous forme animale, humaine ou avec un corps humain et une tête d'animal. Parmi les plus célèbres figurent le chacal Anubis, qui pèse après la mort les mérites et les fautes du défunt et qui préside aux cérémonies de l'embaumement; le cobra, bien que dangereux, est devenu le protecteur des tombes et on le trouve parfois figuré dressé sur le devant de la double couronne du pharaon; son image est souvent reproduite dans les tombeaux pour dissuader les pilleurs de sépultures; le python, disparu d'Égypte à l'époque pharaonique, a survécu dans le panthéon comme Apopis, le principal ennemi de Rê, allié dans sa tâche de destruction à Seth. Durant l'Ancien Empire, certains de ces dieux vont prendre plus d'importance que d'autres. Il s'agit de Rê, d'Osiris, de Seth et d'Hathor.
Les Égyptiens ont hiérarchisé les principales figures de ce panthéon. Les récits de la création du monde ont de plus en plus reflété ce souci de cohérence, le rôle principal étant réservé, selon les lieux, à Ptah, à Rê ou à d'autres. Pendant le Nouvel Empire, trois dieux ont peu à peu dominé les autres: Amon, Rê et Ptah. Parallèlement, le succès du culte d'Isis, né de celui d'Osiris, ne cessa de s'amplifier.
Pendant le Nouvel Empire, Akhenaton a tenté d'imposer un monothéisme: celui du culte d'Aton, le disque solaire aux multiples bras. Mais cette réforme heurtait trop d'habitudes et trop d'intérêts et elle ne lui a pas survécu. Au VIIIe siècle av. J?-C?, la XXVe dynastie nubienne, qui régna sur l'Égypte pendant un peu moins d'un siècle, a contribué à répandre le culte d'Amon dans toute la vallée du Nil.